Sur la côte atlantique, la citadelle et la ville de Port-Louis occupent une presqu’île en Bretagne sud dans le département du Morbihan. Cet isthme forme un socle granitique qui s’allonge entre la petite mer de Gâvres à l’est et la rade de Lorient au nord, à l’embouchure du Blavet et du Scorf.

Au XVIe siècle, Port-Louis, joli bourg alors nommé Blavet, s’adonne au commerce maritime. Devenu chef-lieu d’un gouvernement militaire, siège d’une direction du génie et d’une direction de l’artillerie, il entretient pendant des siècles des relations avec le monde entier : Espagne, Scandinavie, Sénégal, Antilles, Indes ou Chine…

Si la ville de Port-Louis n’a pas eu directement grande part au commerce des Indes, la compagnie implantée à Lorient, de l’autre côté de la rade y recruta nombre de matelots et de capitaines. Les navires stationnaient souvent sous la citadelle pour attendre les vents favorables si bien que le Port-Louis est resté en général le port de départ. 

La citadelle de Port-Louis est un édifice imposant, marqué par les événements de l’histoire bretonne des XVIe et XVIIe siècles.  Après l’assassinat du Duc de Guise, Mercoeur, gouverneur de Bretagne, se révolte contre l’accession au trône du protestant Henri de Navarre et obtient l’aide du roi très catholique Philippe II d’Espagne. En 1590, 3000 Espagnols débarquent à Port-Louis, sous le commandement de Don Juan del Aguila.

La construction de ce qui deviendra la citadelle débute en 1591. En 1598, à la fin de l’occupation espagnole, Henri IV charge le maréchal de Brissac de démolir la Citadelle. Seuls subsistent deux bastions et une courtine, les piles du pont, les casernes, les deux corps de garde et la chapelle. En 1616, Louis XIII, conscient de l’importante position stratégique de cet ouvrage à l’entrée de la rade, confie à l’architecte Corbineau la reprise des travaux et ordonne de le nommer Fort-Louis.

Dès 1973, le projet de réaliser à Port-Louis un musée de la mer pour l’Atlantique est adopté et vivement soutenu par Michel Debré, ministre de la Défense. En 1976, un budget est débloqué pour permettre la réfection de la Citadelle en accord avec les Monuments historiques. Cet ensemble fut ouvert au public en 1978.